Приоритетными сферами научной деятельности Института философии и социально-политических наук ЮФУ являются традиционные и инновационные направления фундаментальных и прикладных исследований в области методологии, истории, теории философии, методики социально-гуманитарного знания, различные аспекты философских, культурологических, политических и геополитических, социологических и социономических исследований. В деятельности кафедр реализуются как традиционные направления научных исследований («История и философия науки”, «Социальная философия», «Методология науки», «Культура отдельных стран и народов», «Философия религии» и пр.), так и активно развиваются направления научных исследований «Цивилизационные исследования на Юге России», «Философское и культурологическое россиеведение», «Философия и религиоведение. Противодействие радикализации религиозного сознания и религиозному экстремизму», «Утопические проекты в истории культуры», «Развитие аудиовизуальной среды современного российского города в контексте сохранения и трансляции этических ценностей российской культуры», «Идеология традиционных и нетрадиционных религий в современном российском обществе», «Когнитивно-идеологические матрицы восприятия студентами Юга России современных социально-политических кризисов», «Социализация и воспитание студентов вузов в современном российском обществе: противоречия и парадоксы», «Гражданско-патриотическое воспитание молодежи – вопрос национальной безопасности», «Стратегии развития России и социальная работа» и др. Большое внимание уделяется осмыслению наследия отечественных ученых, внесших значительный вклад в развитие науки и образования на Юге России и Южного федерального университета (Ю.А.Жданов, М.К.Петров, В.Д.Альперович и др.).